На породичним фармама прошлих година, пољопривредници су се ослањали на природне процесе како би оплодили и заштитили своје фарме. Средином двадесетог века, Зелена револуција је донела нову технологију за пољопривреду која је омогућила пољопривредницима да производе више хране на мање земље, ослањајући се на хемикалије за заштиту усева и стоке од болести и штеточина и узрокујући да фарме расту од породичних предузећа до индустријских операција. Иако фарме сада производе велике количине хране за мало новца, ове нове методе нису имале посљедице.
Стока
Традиционално, фарме су функционисале као затворени систем. Пољопривредници су узгајали усеве, који су хранили животиње, а животиње су производиле стајњак који је хранио следећу генерацију усева. Као што је Давид А. Фахрентхолд објаснио у Васхингтон Пост-у, промјене у пољопривреди САД-а промијениле су улогу гнојива из ђубрива у токсични отпад, јер мале фарме уступају мјесто великим операцијама с тисућама животиња које производе више гнојива него што се може користити. Према Фахрентхолд-у, одлив гнојива је један од водећих узрока мртвих водених зона. Министарство пољопривреде САД-а додаје да отицање гнојива такође доприноси избијању болести које се преносе храном када животињски отпад загађује поља која се користе за узгој усева.
Отјецање ђубрива
Баш као и стајњак, у одговарајућим количинама, ђубриво подстиче здрав раст биљака. Међутим, прекомерна употреба и злоупотреба ђубрива са високим садржајем азота и фосфора такође има катастрофалне последице за животну средину и здравље људи. Према Државном универзитету Сјеверне Каролине, загађење гнојива доприноси мртвим воденим зонама, подручјима у воденим тијелима гдје живи организми не могу преживјети. Чак иу води, ђубрива имају жељени ефекат: повећавају раст биљака. Повећани раст алги, међутим, троши кисик потребан другим организмима. Поред тога, када се гнојива изливају у подземне воде, може доћи до синдрома плавог дјетета, фаталног стања код мале дјеце.
Прашина
Како се узгој животиња повећава, количина прашине коју производе постижу потенцијално опасне нивое. И земља и стајњак, када се осуше, могу постати ваздушни прах, носећи патогене у суседне објекте. Ризик од прашине је посебно висок за пољопривреднике и раднике. Према Пенн Стате Цооперативе Ектенсион, стање које се зове "плућа фармера", узроковано удисањем штетних честица, може изазвати трајно оштећење плућа, па чак и смрт.
Пестициди
По самој својој природи, пестициди су отрови, намијењени убијању штетних инсеката и животиња које уништавају усјеве. Када пестициди контаминирају воду, могу изазвати штетне ефекте и на људе и на животиње. Према саветодавној служби Државног универзитета Иова, пестициди могу доћи до воде на неколико начина. Пестициди који се прскају на усјеве могу се однијети у рибњаке и потоке. Појављује се и отицање, гдје се пестициди испирају у површинске воде, одводе се ерозијом тла или се испирају у подземне воде.
