Данас људи који желе да пошаљу робу (или покрену људе) вероватно ће схватити да се не мора увек држати само једног начина превоза. На пример, терет се може истоварити са брода на камион, који га преноси на раилдард, одакле ће се возом пребацивати широм земље. Интермодални транспорт може бити ефикаснији и јефтинији; у неким случајевима, међутим, има изражене недостатке у погледу брзине и поузданости.
Брзина
Иако интермодални транспорт нуди корист од релативно ниских трошкова у односу на друге методе, то се постиже жртвовањем брзине; сваки пут када се терет преноси на релативно спорије путовање, на пример на возове, који раде на фиксним шинама, који можда не нуде директан пут, као што путеви које камион користи, успорава. Да би радили са максималном ефикасношћу, интермодални транспорт мора такође смањити количину времена проведеног на чекању у депоима да би стигао нови превозник или да се терет истовари.
Недостатак поузданости
Због свог ослањања на више од једног начина транзита, интермодални превоз је такође подложан нижој укупној поузданости; Како ланац различитих модова расте, тако се повећава и могућност да се било која карика у ланцу разбије. Ово је посебно проблематично када је један од начина транспорта жељезнички; железнице су подложније кашњењима изазваним лошим временом или кваром опреме. Из тог разлога, као и због забринутости око брзине, бродари који захтевају поуздан и брз транспорт мање су склони разматрању интермодалних система.
Дамаге
Кад год се терет мора мијешати, бродари ризикују могућност штете јер се терет превози из једног начина пријевоза на други. Срећом, ова опасност се може ублажити, али то опћенито укључује прекомјерно пакирање додавањем више ослонаца и заштитног материјала него што би се иначе сматрало довољним. Ова додатна тежина и трошак делимично сузбија предности интермодалног транспорта у погледу енергетске ефикасности и трошкова.
Високи трошкови инфраструктуре
Интермодални теретни транспорт такође пати од релативно високих трошкова инфраструктуре. Контејнеризација је смањила трошкове и тешкоће у транспорту робе стандардизацијом њихове форме; бродари могу лако да преместе исти контејнер са брода на воз до камиона. Међутим, руковање тим контејнерима захтева да бродари имају тешке дизалице и опрему неопходну за манипулацију великим контејнерима; ова инфраструктура можда не постоји на свим мјестима, посебно у земљама у развоју.