Многе компаније користе рачуноводствени софтвер за аутоматизацију рутинских рачуноводствених задатака, успостављање контрола и креирање финансијских извјештаја. Са више пакета рачуноводственог софтвера на тржишту, обично постоји онај који може одговарати већини пословних потреба, било да је у питању велика корпорација или самостално предузеће. Док рачуноводствени софтвер може да штеди време и помаже у чувању података, постоје неки недостаци у коришћењу рачуноводственог софтвера.
Губитак података или услуга
Када се посао ослања на рачуноводствени софтвер, сваки губитак сервиса због нестанка струје или рачунара може узроковати прекид рада. Прекиди у раду могу спријечити унос нових информација и спријечити приступ похрањеним информацијама. Осим тога, ако се информације не чувају исправно, испад рачунара може довести до губитка финансијских података.
Инцоррецт Информатион
Информације у рачуноводственом систему важе само као информације које се уносе у систем. Пошто већина рачуноводствених система захтева неки ручни унос података, финансијски резултати могу бити нетачни ако се не прегледају сви улазни подаци. Ако постоји тенденција да се прегледају само завршни извјештаји или резултати рачуноводственог система, може бити тешко пронаћи погрешне информације.
Конфигурација система
Сваки бизнис има јединствене аспекте који могу изазвати потешкоће када се покуша прилагодити генеричком софтверу за рачуноводство својим потребама. Иако је прилагођавање доступно за многе програме, може проузроковати застоје и потенцијалне нетачности ако није правилно изведено. Такође, како посао расте, постоји потреба за променом пакета рачуноводственог софтвера; ово може изазвати велике поремећаје, јер се информације морају мигрирати и потребна је нова обука за особље.
Цост
Недостатак рачуноводственог софтвера су трошкови који су укључени. Осим почетних трошкова за куповину софтвера, трошкови одржавања, прилагођавања, обуке и компјутерског хардвера. Док уштеда времена може оправдати трошкове, за неке компаније може потрајати годинама прије него што се инвестирање у софтвер за рачуноводство исплати.
Превара
Информације похрањене у електронском облику могу се манипулирати и приступити им се ако не постоје одговарајуће контроле и сигурносне мјере. Потребне су строге контроле како би се осигурало да само овлашћено особље користи рачуноводствени софтвер и да има приступ извештајима. Пошто финансијски подаци могу бити осетљиви и поверљиви, коришћење рачуноводственог софтвера ствара потенцијал за превару.