Програмски буџет се често користи за текуће услуге које нуди компанија или општина. Основна разлика између програмског буџета и већине других формата буџета је у томе што је програмски буџет усредоточен на захтјеве за обављање посла, а не на осигурање да постоје финанцијска средства за то. Програмски буџет је развијен да би се утврдило да ли се пројекат може финансирати или да ли га треба прекинути. Постоји неколико недостатака у програмском буџету за које треба да будете свесни пре него што га користите.
Период прилагодбе
Будући да се програмски буџет развија без обзира на расположива финансијска средства, може проћи неколико година прије него што пронађете начине да правилно финансирате програмски буџет. Програмски буџети се развијају са специфичним циљевима на уму, а финансије наведене у програмском буџету је тешко измијенити. Може бити потребно да компанија или опћинске године осигурају довољно средстава за одржавање програмског буџета. Током тог периода прилагођавања, остале ставке буџета могу бити угрожене, и доћи ће до потешкоћа у стварању уравнотеженог буџета.
Преклапање
Опћине које развијају неколико програмских буџета могу завршити преклапањем њихових напора и узроковати проблеме планирања буџета. На пример, одељење улица може да укључи привремену поправку улица у свом програмском буџету, а градски летни програм запошљавања може такође укључивати поправку улица за привремене сезонске раднике. Преклапање услуга узрокује неефикасност у процесу буџетирања, што може довести до двоструког трошења.
Преко буџета
Програмски буџет наводи трошкове за покретање програма и оно што улази у те трошкове. Када се одобри програмски буџет, то се ради с намјером пружања услуга групи. Ако је буџет нетачан, не може се прилагодити. На примјер, ако је процјена програмског буџета за уклањање снијега у граду ниска за одређену годину, онда се буџет мора допунити другим средствима. Та друга средства могу значити да град треба да позајми новац или да затвори програме који нису покривени програмским буџетом. На овај начин, лоше планирање у програмском буџету може имати широк утицај на финансијско здравље организације.
Евалуација
Програмски буџет који пружа критичну услугу заједници може бити тешко анализирати. Може бити изазовно покушати и поставити конкретне мјере учинка на услуге које имају вишеструке разине администрације. На пример, летњи програм читања у школском систему изгледа да је неопходна услуга, али може бити тешко проценити делотворност елемената програмског буџета, као што су број наставника, број доступних књига и број сати које је потребно извршити. Програм је доступан студентима.