Управљачко рачуноводство може бити ефикасно средство за пословно планирање, стратешки развој и интерни мониторинг. Истовремено, постоје потенцијални проблеми који се могу појавити ослањањем искључиво на информације о управном рачуноводству. Ослањање само на менаџерско рачуноводство може бити опасно и водити пословање у погрешном смјеру. Менаџери морају бити свјесни недостатака менаџерског рачуноводства тако да могу критички оцијенити пружене информације. Менаџери који то могу урадити ће бити у могућности да користе информације о управном рачуноводству у вези са другим информацијама како би доносили информисане пословне одлуке.
Недостатак стандардизације
Финансијско рачуноводство је високо стандардизовано, а финансијски рачуновође користе смјернице као што су опћенито прихваћени рачуноводствени принципи (ГААП). У супротности с тим, менаџмент рачуноводство нема сет стандардних процедура. Менаџер рачуноводства може да осмисли своје системе и метрике за процену финансија организације. Недостатак овога је да се један метод рачуновође може јако разликовати од другог. То може довести до недосљедности у начину на који се мјере финанцијска мјерила и евалуације. Такође захтева од рачуновођа да буду много образованији и способнији да тумаче рачуноводствене системе које су развили други.
Превелики нагласак на квантитативне информације
Квантитативни подаци могу бити драгоцени у доношењу информисаних пословних одлука. Менаџмент рачуноводство се, међутим, фокусира искључиво на квантитативне мјере и игнорира факторе који се не могу мјерити у доларима и центима. На пример, може се чинити да има финансијски смисао да се производни објекат пресели у регион са нижим трошковима зараде. Управљачко рачуноводство може да израчуна уштеду плата и одређена повећања трошкова који се могу појавити (на пример, трошкови транспорта или увозне дажбине). Менаџмент рачуноводство, међутим, не може бити фактор у стварима као што су уштеде које се односе на добру вољу чланова заједнице у региону или проблеме са односима с јавношћу које могу произаћи из такве одлуке. Управљачко рачуноводство је веома рационално, али понекад је потпуно рационално може бити недостатак.
Субјективност
Менаџмент рачуноводство омогућава велику субјективност приликом креирања метрике и метода за мерење перформанси. Ово је проблематично, јер особна увјерења и предрасуде рачуновође могу имати утјецаја на начин мјерења учинка. На пример, ако је потребан менаџерски рачун да би се измерила продуктивност радника, она може да се фокусира искључиво на резултате и да не узима у обзир раднике који могу имати значајан утицај на укупну продуктивност. Ово утиче и на компанију и запослене. Компанија је погођена јер информације које користи можда нису најбоље, а запослени могу бити погођени ако сматрају да се не вреднују поштено.
