Рачуноводствени информациони систем је дизајниран за предузећа која се користе за евидентирање својих финансијских трансакција. Информације се уносе, обрађују, чувају и дистрибуирају кроз овај тип система. Рачуноводствени информациони системи имају многе предности; међутим, постоје и неки недостаци.
Учење система
Учење рачуноводственог информационог система често може бити тешко и дуготрајно. Појединци морају бити обучени у систему, а то може довести до неповољног положаја за компаније у смислу времена и радне снаге. Рачуноводствени информациони систем састоји се од много различитих компоненти и скоро сви системи су компјутеризовани. Због њихове сложености, неки људи ће им бити тешко користити. Може потрајати тједнима или мјесецима да би особа разумјела рачуноводствени сустав, и обично појединац још увијек не разумије у потпуности оно што је сустав способан. Ако запослени престане да ради у организацији, може проћи неколико недеља или месеци, још једном, да обучи другог радника.
Губитак информација
Рачуноводствени информациони системи су обично компјутеризовани. Због тога увек постоји ризик губитка информација путем прекида напајања или падова система. Када се то догоди, постоји шанса да се све информације у систему могу изгубити. Компаније предузимају мере предострожности за овај проблем тако што редовно праве своје датотеке и обављају стандардно одржавање на свим рачунарским системима. Они такође инсталирају антивирусни софтвер као другу предострожност. Ипак, ниједан од ових корака не елиминише потенцијални проблем који се може појавити. Рачуноводствени информациони системи годинама чувају финансијске информације компаније. Ако дође до пада система, то представља велики недостатак за компанију. Све, или неке, информације су изгубљене, и постоји шанса да се никада неће вратити.
Поновна процена
Компаније често мењају начин пословања да би пратиле најновије трендове. Да би се одржао корак у захтјевном пословном свијету, те промјене могу утјецати на рачуноводствени сустав. Тешко је успоставити рачуноводствени информациони систем, јер је свака компанија јединствена на свој начин. Да би се пратиле промјене, рачуноводствени информацијски сустави морају се често поновно процјењивати. Често је потребно направити промјене у систему како би се информације учинковито обрадиле. То може бити неповољан положај за компаније, јер је потребно вријеме за поновну процјену, а то кошта новца.